В настоящее время ЕГАИС охватывает только начальный этап оборота - производство. Фиксация данных в оптовом и розничном звеньях товаропроводящей цепи проводится пока только в тестовом режиме. Отсутствие системы передачи данных в рознице позволяет реализовывать в рознице наряду с легальным и нелегальный алкоголь - с поддельными марками, либо заявленными как уничтоженные. 

Также в документе содержится норма о том, что организации, осуществляющие лицензируемые виды деятельности в сфере производства и оборота спирта и алкогольной продукции, а также производство и оборот пива, пивных напитков, сидра, пуаре, медовухи и спиртосодержащей продукции, будут представлять информацию не в составе бумажных справок, а в электронном виде посредством ЕГАИС.